荧光原位杂交分析系统可以同时使用多种不同荧光标记的探针，对多个不同的核酸靶序列进行检测。例如，在同一个细胞样本中，可以分别用不同颜色的荧光探针来检测不同的染色体、基因或者染色体结构变异情况等。这种多靶检测的能力使得研究人员或临床医生能够一次性获取更多关于样本遗传学特征的信息，提高了检测效率，也揭示了细胞内核酸层面的复杂变化规律。
荧光原位杂交分析系统(FISH)的测定步骤：
1.样本准备
-载玻片处理：需清洁干净，有的需进行特殊处理，如1盐酸酒精浸泡盖玻片等。
-细胞或组织处理：根据样本类型不同，处理方法各异。如遗传病常用外周血、羊水等制备染色体；血液病用外周血或骨髓细胞；实体肿瘤可从多种组织、细胞或体液中获取标本。对组织学标本，要及时固定、脱水、透明、浸蜡、切片等，石蜡切片厚度一般为3-5微米，贴于专用防脱载玻片上。
2.预处理
-脱蜡：烤好的组织切片需用二甲苯脱蜡，脱蜡不足会影响实验结果，二甲苯需定期更换。
-酶消化：常用胃蛋白酶或蛋白酶K等对切片进行酶消化，以增加探针与靶核酸结合机会，但要注意酶浓度、消化时间和孵育温度，避免细胞结构破坏或消化不透彻。
-梯度乙醇脱水：将组织切片依次置于70、85、100乙醇中各2分钟左右脱水，自然晾干。
3.探针制备与应用
-探针配制：即用型探针可直接使用，非即用型探针需按说明书与杂交缓冲液配制，注意避免反复冻融，混匀时需轻柔。
-探针加样：参照标准加样量滴加到待杂交组织中央，使用合适盖玻片，橡胶水泥密封四边，注意避光，避免气泡和封胶不严。
-变性及杂交：有甲酰胺变性杂交(手工操作)和杂交仪变性杂交(自动操作)两种方式，根据探针要求设定共变性杂交条件，如变性温度72-95℃、时间3-5分钟，杂交温度37或42℃、时间16-18小时等。
4.杂交后清洗
-漂洗：用不同浓度的盐溶液或含有去离子甲酰胺的溶液等进行多次漂洗，去除未结合的探针，降低背景信号。
-复染：加入DAPI等复染剂，对细胞核进行复染，便于在荧光显微镜下观察。
5.图像采集与分析
-图像采集：使用荧光显微镜或共聚焦荧光显微镜观察，采集荧光信号图像。
-数据分析：对采集到的图像进行分析，判断目标核酸的位置、数量、形态等，得出相应结论。
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